El asesinato se Marat

La caída de los girondinos el 31 de mayo, provocada por las acciones de François Hanriot, se convirtió en uno de los últimos logros de Marat. Su enfermedad de la piel estaba teniendo efectos negativos en su vida, y lo único que aliviaba las molestias eran los baños calientes. Marat estaba en su bañera el 13 de julio de 1793 cuando una mujer que afirmaba ser una mensajera desde Caen (donde los girondinos huidos intentaban ganar una base en Normandía) solicitó entrar en su cuarto.
Él la dejó entrar, le preguntó los nombres de los que la enviaban, y tras apuntar sus nombres presuntamente dijo: «Serán todos guillotinados». La joven, la aristócrata Charlotte Corday, sacó un cuchillo comprado minutos antes en una tienda, al otro lado de la calle, y le apuñaló en el pecho. Marat gritó «A moi, ma chère amie!» («¡A mí, mi querida amiga!») y murió. Corday era girondina, y su acción provocó represalias, en las que cientos de los adversarios de los Jacobinos (tanto monárquicos como Girondinos) fueron ejecutados bajo los cargos de traición. La misma Corday fue guillotinada el 17 de julio de 1793 por el asesinato de Marat.
El asesinato no hizo más que engrandecer su imagen entre las capas más pobres de la sociedad, que lo identificó como a un mártir de la Revolución.
Toda la Convención Nacional acudió a su funeral, y sus cenizas fueron colocadas en el Salón de los espectáculos, donde tenían lugar las sesiones. Cuando los jacobinos iniciaron sus campañas de descristianización deísta, Marat fue casi santificado, y su busto sustituía a menudo a los crucifijos en las antiguas iglesias de París.